「聖教會」的名稱起源於一九一七年「日本聖潔教會」的設立，日本聖潔教會的設立是得到「遠東宣教會」（即現今「國際宣教會」的前身）的協助。而「遠東宣教會」是由一群熱心傳福音事工的東、西方基督徒於一九○五年在日本組織的宣教團體，會中的代表人物是美國赴日的宣教師查裡高滿先生，其夫人就是基督教世界靈修名著「荒漠甘泉」的作者，以及曾經留學美國的日本中田重治牧師。他們的信仰深受美國當代的奮興佈道家宣勝博士所主張的「重生、聖潔、神醫、 再臨」此一「四重福音」影響。
後來遠東宣教會的傳道工作拓展到韓國、巴西、中國大陸和台灣。台灣聖潔教會於一九二六年在中田重治牧師來台宣教時創立，二次大戰期間遭日本政府下令關閉，一九四五年日本結束對台統治後重建教會, 改名為「基督教台灣聖教會」。自此直到二○○三年為止，所屬教會共有八十五間。遠東宣教會於一九五一年與台灣聖教會共同開設「中台神學院」，初期所訓練的傳道人大多數投入台灣聖教會所屬的教會中服事。
紐約聖教會的開創者高耀民牧師就是中台神學院一九五六年的畢業生，先後在台灣的北、中、們各地數間聖教會歷經二十六年的牧會服事。一九八三年高耀民牧師從台灣帶著福音使命來到美東，於一九八四年成立「基督教紐約聖教會」，先後經幾次遷移，終於在一九九五年眾人憑著信心、謙卑順服、熱切禱告，一同經歷了 神奇妙的作為和豐盛的恩典，買下現有房屋。並於一九九五年十一月二十六日正式遷至新會堂。
完成第一次的建堂之後，一九九七年初高牧師決定在年底退任，教會也開始推動小組事工，在半年內先後成立六個家庭小組，作為傳福音領人歸主的主要橋樑，教會在尋求接棒人的等待過程中，透過小組的運作功能，仍帶領了多位慕道友受洗歸主。同時由於教會中講英文的年青人日漸增加，一九九九年三月，教會聘請了古伯明牧師來協助青少年英文事工，並正式開始英文的主日崇拜，帶領華人在美國第二代的年青人認識神。
二○○一年八月起，尤陽生牧師從台灣的中台神學院離職來到本會，接受主任牧師的牧養責任，開啟紐約聖教會一個新的里程碑。與此其間，教會同工有感於法拉盛地區來自中國的新移民大量增加，帶著「福音無語言國籍界限」的胸懷與「為基督國度得人」的異象使命，自二○○一年七月下旬起開始增加主日早堂華語崇拜，帶領以講華語為主的紐約新移民認識神、敬拜神，也造就他們起來服事神。教會也因此走出一條持續成長的拓展之路
二○一二年教會又因空間不足，一方面在隔壁課後輔導班租用教室，另一方面又成立建堂委員會，開始第二次建堂計畫。二○一五年八月十六日我們得知與教會後院緊鄰的房子要出售。許多弟兄姊妹認為這是 神所賜的好機會。 這房子可供各種聚會及未來社區事工發展。經過多次積極會商和認真禱告尋求 神旨意，終於於二○一五年十一月買下了本教會的第二棟的建築，我們稱之為聖教會社區展望中心。
過去三十餘年間教會持續在神的恩典中成長並積極投入各樣宣教事工: 法拉盛福因中心，德東宣教，台灣短宣，其它短宣，兒童聖經夏令營，街頭佈道，亞東劇團，陽光小雨，夏令營，福音營…等。聖教會秉持著福音使命，繼續向本地的新、舊台灣和中國移民及留學生和在美國成長的亞裔新生代宣揚基督的愛與救恩見證宣揚基督的愛與救恩，也將福音的火把傳到神帶領我們去的地方。